外泌体分离

01

Circulating exosome-like vesicles of humans with nondiabetic obesity impaired islet β-cell proliferation, which was associated with decreased Omentin-1 protein cargo

《非糖尿病性肥胖患者的外周血外泌体样囊泡损害胰岛β细胞增殖，这与Omentin-1蛋白在其中的装载量降低有关》

Genes&Diseases

摘要：非糖尿病性肥胖状态下β细胞质量的调节机制尚不清楚。该文研究的是外周血外泌体样囊泡（ELVs）在单纯性肥胖患者胰岛β细胞质量调节中的作用。本文招募了81名单纯性肥胖受试者和102名体重正常的健康志愿者，并通过超速离心法分离出外周血ELVs。通过检测β细胞和胰岛的增殖情况，以及通过定量蛋白质组学分析鉴定ELVs中的蛋白质组分并验证。发现单纯性肥胖受试者外周血ELVs在体外抑制β细胞增殖，而不影响其凋亡、分泌和炎症。单纯性肥胖患者外周血ELVs中Rictor和Omentin-1蛋白水平下调，并与肥胖相关的病理条件有关。ELVs携带的Omentin-1和Omentin-1蛋白本身被证实能促进β细胞增殖和激活Akt信号通路。此外，胰岛素可下调ELVs中的Omentin-1。

离心目的：外泌体样囊泡（ELVs）分离

离心条件：110,000xg，2h/70min，4℃（Beckman Coulter，Optima XPN-100超速离心机）

DOI

https://doi.org/10.1016/j.gendis.2020.12.011

02

EGFR-rich extracellular vesicles derived from highly metastatic nasopharyngeal carcinoma cells accelerate tumour metastasis through PI3K/AKT pathway-suppressed ROS

《高转移鼻咽癌细胞中富含EGFR的胞外囊泡通过PI3K/AKT途径抑制ROS进而促进肿瘤转移》

J Extracell Vesicles.2020;10:el2003

摘要：鼻咽癌（NPC）是最常见的恶性肿瘤，发生在鼻咽上皮细胞中，具有很高的转移潜能，远处转移是鼻咽癌患者治疗失败和死亡的主要原因。该文章证明了来源于高转移性鼻咽癌细胞的EVs诱导低转移性鼻咽癌细胞EGFR表达上调，ROS表达下调。从机制上讲，富含EGFR的EVs介导的EGFR过表达通过PI3K/AKT途径下调了细胞内ROS水平，从而促进了转移不良的NPC细胞的转移潜能。引人注目的是，用高度转移性NPC细胞分泌的EVs进行的治疗与异种移植小鼠中NPC的快速进展和较短的生存期显着相关。

离心目的：细胞外囊泡（EVs）分离

离心条件：120,000xg，2h，4℃（SW 41 Ti与SW 60 Ti转头，Beckman Coulter）

DOI

https://doi.org/10.1002/jev2.12003

03

Prostate cancer extracellular vesicles mediate intercellular communication with bone marrow cells and promote metastasis in a cholesterol-dependent manner

《前列腺癌细胞外囊泡介导与骨髓细胞的细胞间通讯并以胆固醇依赖的方式促进转移》

J Extracell Vesicles.2020;10:el2042

摘要：原发性肿瘤可以与远处器官建立远程通讯，将它们转化为肥沃的土壤，供循环中的肿瘤细胞植入和增殖，这一过程称为转移前生态位（PMN）形成。肿瘤源性细胞外囊泡（EV）是PMN形成的有效介质，这是因为它们包含有多种促恶性分子物质并且它们具有针对特定细胞类型的靶向性。该文研究了受体细胞胆固醇稳态在前列腺癌（PCa）EV介导的信号传导和转移中的作用。结果表明，骨髓髓样细胞中的胆固醇稳态通过充当EV信号转导的守门员来调节促转移EV信号和转移。

离心目的：细胞外囊泡（EV）分离

离心条件：100,000xg，90min

DOI

https://doi.org/10.1002/jev2.12042

04

BATF2 prevents glioblastoma multiforme progression by inhibiting recruitment of myeloid-derived suppressor cells

《BATF2通过抑制髓源性抑制细胞的募集来阻止多形性胶质母细胞瘤的进展》

Oncogene

摘要：碱性亮氨酸拉链ATF样转录因子2（BATF2）可参与炎症反应和抗肿瘤作用。该文发现BATF2抑制胶质瘤生长和髓源性抑制细胞（MDSCs）募集。BATF2过表达胶质瘤细胞系的细胞外囊泡（BATF2 EVs）可以在体外抑制MDSCs的趋化性。此外，BATF2可以抑制细胞内的SDF-1α并有助于降低EVs中的SDF-1α。在AMD3100处理后，通过阻断SDF-1α/CXCR4信号，BATF2下调诱导的MDSCs募集可被逆转。在24对不同时期的胶质瘤和健康供体中检测EVs，发现血浆中BATF2阳性EVs（BATF2+plEVs）的丰度可以区分III-IV期胶质瘤和I-II期胶质瘤及健康供体。

离心目的：细胞外囊泡（EVs）分离

离心条件：135,000xg，2h，4℃（Type 70 Ti转头，Beckman Coulter）

DOI

https://doi.org/10.1038/s41388-020-01627-y

病毒/病毒样颗粒分离

01

Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus

《SARS-CoV-2病毒的结构》

Cell 183,730–738,October 29,2020

摘要：文章使用了经严格灭活、含有新冠病毒的细胞培养液，在保证样品的天然结构的基础上，在二级实验室提纯浓缩病毒后，使用实验室开发的高通量、高分辨冷冻电镜断层成像技术（cryo-ET），采集了100TB数据、筛选出2294颗病毒颗粒，并重构出一颗具有代表性的完整的病毒三维结构，分辨率达7.8-11?。统计结果表明，新冠病毒囊膜平均直径约80纳米，表面约有30个刺突蛋白，内部约有30个核糖核蛋白复合物。

离心目的：SARS-CoV-2病毒的分离

离心条件：30%蔗糖垫液，100,000xg，3h，4℃（Beckman Coulter超速离心机）

DOI

https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.09.018

02

Ebola virus triggers receptor tyrosine kinase-dependent signaling to promote the delivery of viral particles to entry-conducive intracellular compartments

《埃博拉病毒通过触发受体酪氨酸激酶依赖性信号传导促进其进入细胞内》

PLOS Pathogens January 29,2021

摘要：研究表明埃博拉病毒EBOV病毒颗粒激活信号级联和宿主运输因子，以促进它们与宿主因子的定位，因为宿主因子是其进入细胞所必需的。然而，这些激活信号的启动机制仍不清楚。文章通过筛选激酶抑制剂文库，发现受体酪氨酸激酶抑制剂能有效阻断EBOV和MARV-GP依赖的病毒进入。表皮生长因子受体（EGFR）、酪氨酸蛋白激酶Met（c-Met）和胰岛素受体（InsR）/胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）的抑制剂可以阻断丝状病毒GP介导的入侵并阻止Vero细胞中EBOV的复制。此外，c-Met和InsR/IGF1R的抑制剂也阻断了病毒进入巨噬细胞，而巨噬细胞是EBOV感染的主要靶点。

离心目的：病毒颗粒的分离

离心条件：20%蔗糖垫液，20,000rpm，1.5h，4℃（SW 32 Ti转头，Beckman Coulter，Optima XPN-100超速离心机）

DOI

https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009275

03

Integrating nanoparticle quantification and statistical design of experiments for efficient HIV-1 virus-like particle production in High Five cells

《纳米颗粒定量与统计DOE相结合的方法在HIV-1病毒样颗粒在High Five昆虫细胞表达系统中高效表达研究中的应用》

Applied Microbiology and Biotechnology (2020) 104:1569–1582

摘要：病毒样颗粒（VLPs）的性质使其在不同研究领域应用广泛，包括疫苗的开发。杆状病毒表达载体系统（BEVS）是获得大量复杂病毒样颗粒的有效平台。然而，大多数关于重组杆状病毒感染产生VLP的研究都采用了间接检测或定量技术，这些技术阻碍了表达过程和产品的适当表征。本文应用先进的量化方法结合统计设计，充分发挥High Five/BEVS作为产生HIV-1 Gag VLPs平台的潜力。采用响应曲面方法研究了CCI、MOI和TOH在杆状病毒感染、VLP产生、VLP组装和VLP生产四种不同的响应函数上的协同作用。

离心目的：病毒样颗粒（VLPs）的分离纯化

离心条件：25/45%蔗糖密度梯度离心，31,000rpm，2.5h，4℃（SW 32 Ti转头，Beckman Coulter，Optima L100XP超速离心机）

DOI

https://doi.org/10.1007/s00253-019-10319-x

纳米颗粒分离

01

Temperature-Dependent Nanomechanical Properties of Adsorbed Poly-NIPAm Microgel Particles Immersed in Water

《水中吸附聚共聚物Poly-NIPAm微凝胶粒子的温敏纳米机械性能》

Langmuir 2021,37,1902?1912

摘要：本文采用压痕原子力显微镜（AFM）方法研究了水环境下半间歇聚合法制备的共聚物Poly-NIPAm微凝胶的纳米机械性能随温度的变化规律。并对经典间歇法制备的共聚物Poly-NIPAm微凝胶颗粒进行了表征。结果表明，与传统的间歇合成法相比，半间歇合成法可形成更均匀的微凝胶颗粒。本方法一般适用于软表面原位表征。

离心目的：微凝胶颗粒的分离

离心条件：362,000xg，25℃（Beckman Coulter，Optima XPN超速离心机）

DOI

https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.0c03386

分析型超速离心

01

Structural elements in the flexible tail of the co-chaperone p23 coordinate client binding and progression of the Hsp90 chaperone cycle （辅助伴侣蛋白p23柔性尾端中的结构元件调节靶标结合和Hsp90分子伴侣周期进程）

Nat Commun 12, 828 (2021).

Maximilian M. Biebl等人证明了p23尾端区域的色氨酸通过改变Hsp90催化环构象抑制其ATP酶活性。他们利用分析型超速离心技术分析了Hsp90和p23突变体之间的结合，证明了p23尾端的色氨酸突变后与野生型具有相似的结合力。

图1 p23与Hsp90的结合分析

仪器型号：分析型超速离心机Proteomelab XL-A

目的：检测蛋白与蛋白在溶液中相互作用

DOI

https://doi.org/10.1038/s41467-021-21063-0

02

EGCG binds intrinsically disordered N-terminal domain of p53 and disrupts p53-MDM2 interaction（EGCG结合p53的固有无序N末端结构域并破坏p53-MDM2间的相互作用）

Nat Commun 12, 986 (2021).

儿茶素EGCG可以诱导癌细胞的凋亡，与抑癌因子p53蛋白NTD间直接相互作用。AUC实验证明两者之间的相互作用是动态的，且EGCG的结合会引起其构象的改变。Jing Zhao等人的研究为EGCG的抗癌机制提供了基础，同时发现了p53的NTD区域可以作为癌症药物靶标。

图2 SV-AUC实验证明EGCG的结合使p53蛋白NTD构象改变

仪器型号：分析型超速离心机Proteomelab XL-A

目的：小分子结合后蛋白质构象改变的检测

DOI

https://doi.org/10.1038/s41467-021-21258-5

03

Energetic and structural features of SARS-CoV-2 N-protein co-assemblies with nucleic acids

（SARS-CoV-2病毒的核衣壳蛋白与寡核苷酸复合物的能量和结构特征）

bioRxiv 2021.02.08.430344

SARS-CoV-2病毒的核衣壳蛋白将病毒基因组组装至核糖核蛋白颗粒，但其分子机制仍不清楚。Peter Schuck等人研究了N蛋白与不同长度的寡核苷酸的相互作用，观察到其生长成相分离的液滴。在研究中他们使用分析型超速离心技术检测了N蛋白在溶液中的聚集状态以及与不同长度寡核苷酸的结合。

图3 SARS-CoV-2 N蛋白和寡核苷酸结合分析

仪器型号：分析型超速离心机ProteomeLab XL-I

目的：溶液中蛋白状态表征；检测蛋白与核苷酸相互作用

DOI

https://doi.org/10.1101/2021.02.08.430344