基于SPRI技术的AMPure
XP纯化技术已经家喻户晓。该技术采用顺磁性的磁珠、选择性的结合特定大小的核酸,已广泛应用于NGS的纯化及片段筛选等领域。那么,针对NGS的纯化,最常见的问题有哪些呢?
Q1:针对AMPure XP/ SPRIselect的片段筛选的磁珠比例有什么推荐?
A1: 1, AMpure XP的设计功能是从PCR产物中纯化100bp以上的片段,虽然有试剂盒/论文提供了AMpure XP片段筛选的方法,贝克曼库尔特无法提供支持和建议。
2, SPRIselect是针对片段筛选而设计的磁珠产品。说明中立刻给出了参考比例,具体的片段筛选方法(包括去大片段、去小片段以及双向选择),其中也给出了详解。值得提示的是:该比例针对纯DNA而测定,如含有其他杂质需通过实验具体确认,详见P1-10,及table 3。
Q2:核酸的得率/回收率是多少?
A2:得率与样品类型、洗脱体积、样品浓度等诸多因素有关。常见的200bps的PCR产物回收率~90%。具体影响因素参见说明书。
Q3:是否有纯化片段的长度的上限和下限?
A3:AMpure XP按照说明书的使用方法,针对50bp以下几乎无结合;50bp~100bp可能会有少量结合,主要结合100bp以上的片段(无上限)。 对于10Kb以上的片段,洗脱前不建议干燥,否则可能核酸结合过紧难以洗脱。
Q4:说明书、COA、MSDS在哪里下载?
A4:在此链接中搜索栏通过批号(Lot Number)下载COA,通过货号下载说明书和MSDS。
Q5:结合核酸时是否有偏好性(单链、双链、DNA或RNA)?
A5:AMpure XP纯化单双链的效率都很高,可在说明书的P12看到数据对比图。纯化RNA推荐使用RNAClean XP。