NGS片段筛选宝典之——小片段去除秘技!

基于SPRI技术的AMPure XP纯化技术已经家喻户晓。该技术采用顺磁性的磁珠、选择性的结合特定大小的核酸,已广泛应用于NGS的纯化及片段筛选等领域。那么,如何做到精准、可重复的片段筛选呢?请看,NGS片段筛选宝典之:小片段去除秘技!

秘技1:选择合适的产品——SPRIselect!

家喻户晓的AMPure XP的设计功能是从PCR产物中纯化100bp以上的核酸片段。虽然已有大量试剂盒/论文提供了AMPure XP片段筛选的方法,但是贝克曼库尔特更推荐SPRIselect进行片段筛选,因为SPRIselect是针对精准片段筛选而优化的。

秘技2:采取合适的实验流程!

SPRI技术会优先将更大的片段结合在磁珠上。如果需要保留较大的片段,而去除小片段,那么在SPRIselect试剂与待筛选溶液混合后,通过磁力架保留磁珠、弃去上清,既可以去除小片段,而所需要保留的大片段会留在磁珠上,使用乙醇清洗后,可直接用水洗脱下来。具体流程如下图所示。

秘技3:使用正确的浓度!

SPRIselect的浓度(指反应的终浓度)越高,越有利于更小片段在磁珠上的结合。

如果想要去除溶液中的小片段核酸,可通过控制SPRIselect加入的量,来控制保留在磁珠上的片段大小。

如下图所示,

M = Marker

Shear = 1 μL of 20 ng/μL标准品水溶液

1.2x to 0.4x = 1 μL经不同浓度SPRIselect筛选后的标准品。

那么例如0.8x这样的浓度是如何计算的呢?

‘0.8x’是指待筛选样品与SPRIselect的体积比:如果使用0.8x的浓度处理50μL的样品,那么需要向样品中加入的SPRIselect试剂体积为40μL(=50μL(样品体积)* 0.8x ratio),终体系为90μL.

更具体的步骤,大家可参加说明书

关于SPRI技术的来龙去脉可点击视频了解


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