靶向测序是针对基因组特定目标区域的测序技术,可分为杂交捕获和多重PCR两大类型。基于杂交捕获的靶向测序根据已知区域序列设计寡核苷酸探针,通过杂交将目标区域捕获富集再做深度测序,增加了检查灵敏度和准确性,同时降低测序成本。多重PCR技术则依靠PCR反应进行富集,适合较小panel,起始量要求低,检测速度快。
随着靶向测序在科研、临床的广泛应用,样品量激增,采用自动化来代替这项耗时且高度重复性工作的必要性不断提升。自动化可以减少手工操作时间,提高工作效率,标准化工作流程,增加实验结果的重复性。液体处理专家贝克曼库尔特推出基于Biomek自动化工作站的靶向测序方案,已成功自动化一系列商品化靶向测序试剂盒。已成功自动化一系列商品化靶向测序试剂盒(见下列表)
以IDT
xGen® 杂交捕获试剂盒为例,让我们来看Biomek工作站与手工实验在测序数据和时间成本上的人机对比。
Biomek向导式软件操作,IDT xGen® 杂交捕获试剂盒方法选择界面
自动化捕获测序数据vs.手工实验数据
IDT
xGen® 杂交捕获试剂盒历史手工数据(左)vs.Biomek i7自动化工作站(右)完成数据。
A.
平均中靶率,B. 重复率,C. 覆盖度,D. GC偏移。
Hands-on time:自动化捕获实验vs.手工实验
Hands-On
Time:
Manual 3.5 hrs (32 samples) vs. Automation 45 min (96 samples)
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完成 24/48/96个样本的自动化IDT xGen®杂交捕获测序文库制备预估耗时
Biomek,你还有多少惊喜是我们不知道的?
除了靶向测序,以下列表中的DNA-Seq,RNA-Seq,Single
cell sequencing全都可以自动化!
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*本文涉及的内容与产品仅用于科研和工业,不用于临床诊断。