NGS文库质控实验是上机测序前的关键步骤，包括荧光染料法浓度测定，文库片段大小分析，qPCR定量，文库浓度归一化和混样。
Q：怎么做质控更经济高效呢？
A：Scale-down（缩小反应体积）很直接！
Q：缩小2X，4X，8X能保证加液准确性和实验结果稳定吗？
A：好问题！你听说过声波移液技术吗？
Echo声波移液系统，通过聚焦声波能量转移低至2.5nL的样品，不需要吸头，无物理接触。每秒传输几百个液滴实现nL到μL级的液体传输。Echo可以微量化反应体系到几微升，甚至数百纳升，将样品从微孔板任意孔快速转移到目的板任意孔。在基因组学及合成生物学中，Echo被应用到微量化NGS建库，微量化的文库质控，以及超高速文库Pooling。
Echo 微量化NGS文库荧光染料法浓度检测
Echo将常规200uL荧光染料定量体系缩小10X甚至20X，完成对文库dsDNA片段的准确定量。
图1. 左图：AccuBlue NextGen dsDNA Quantitation Kit，10 μL体系，定量范围5 pg – 4 ng，R2=0.999。
右图：QuantiFluor One dsDNA Quantitation Kit，20 μL体系，定量范围20 pg – 50 ng，R2=1。
Echo 微量化NGS文库qPCR质控
Echo可完成384孔板、1536孔板超高通量微量化qPCR体系构建。体系可缩小至2 μL，1 μL甚至500 nL。qPCR反应的微量化有效减少试剂消耗，控制成本。声波隔空打液不直接接触样品，避免标准品梯度稀释的累积误差，也一定程度避免因移液枪反复吹吸造成的气溶胶污染。此外，Echo支持在软件中以表单的形式挑选部分文库样品做qPCR。整个实验过程数据可循，避免手工记录错误、手工操作窜孔等风险。
图2. 采用Echo完成微量化文库qPCR定量，反应体系缩小至8 μL，4 μL及2 μL绘制校准曲线。
· Echo 一步法文库Pooling
常规文库混样分为两步：
1) 根据表单信息将各个文库归一化到一定浓度，2) 将想要合并测序的文库混合。
Echo Pooling：
高浓度文库不需额外稀释，通过nL至μL级灵活的液滴转移，
将浓度归一化和混样简化为一步进行。
?不需要繁重的移液枪吸液打液操作
?不对NGS文库产生物理接触，保证样品完整性
?不需要吸头耗材
?Echo声波移液系统12分钟即可完成384个文库混样，而手工实验需要约6小时。
图3. Echo 一步法NGS文库Pooling。左：将需要混样的各文库信息写入输入文件；右：Echo运行示意。
参考
1.LABCYTE®: Brochure | Echo Acoustic Liquid Handling for Genomics Research, Version 1.0 | AUGUST 2017
2.APPLICATION NOTE: AAG-6742APP03.20
*本文涉及的内容与产品仅用于科研和工业，不用于临床诊断。