福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE, Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded) 组织样本是临床肿瘤研究常用样品，随着二代测序技术的逐渐发展和成熟，越来越多的FFPE 样本用于NGS 研究，为病理诊断和临床研究提供更全面的数据。而NGS目标区域捕获技术（根据重要基因的突变频率），是研究肿瘤样本NGS常见的手段之一。NGS 数据的真实性很大程度上取决于样本提取的质量，高质量的建库样本是获取可靠结果的基本条件。FFPE 样本由于其处理方式的特殊性，获取高质量、高得率的核酸具有很大的挑战。同时，大批量的肿瘤样本建库，需要投入大量的人力、物力，且重复性和均一性得不到保证。
贝克曼库尔特推出专业的肿瘤样本核酸提取和自动化建库解决方案，结合FormaPure XL FFPE样本提取试剂盒和Biomek i7液体自动工作站，帮助您顺利完成样本检测，省心、省事、更省钱！
Biomek i7液体自动工作站
FormaPure XL Nucleic Acid Purification Kit（以下简称FormaPure XL），是一套专门为二代测序技术（NGS）qPCR/ddPCR/PCR等下游应用设计和优化的试剂，最大程度上保证从FFPE样本中获得产物的完整性、产量和纯度，将丢失重要基因信息的风险降到最低。
●专门为FFPE样本设计，提取兼容NGS应用的RNA和/或DNA
●能够获得更加完整的RNA，即使是保存了10年之久的RNA
图1 FormaPure RNA提取能够获得更好的RNA完整性
*DV200代表大于200bp的RNA所占比例
●搭配Beckman Biomek液体工作站实现批量化自动化提取，提高生产效率
表格1使用FormaPure Total、FormaPure RNA、FormaPure DNA核酸提取试剂盒分别完成8、24、48和96个FFPE样本核酸提取手工操作时间和总时间统计表（单位：小时）。三款试剂盒都可以通过手工操作和自动化液体处理系统操作。NR = Not Recommended / 不推荐。
●可检测低频突变，避免因为提取环节而导致实验偏差
表格2 采用 FormaPure DNA 进行FFPE 核酸提取，可以检测低频变异。
Biomek i-series自动化建库方案：
获得FFPE样本核酸提取后，目标区域捕获测序文库制备将由Biomek液体处理工作站自动化完成，减少了手工操作时间，极大提高了工作效率，增加了结果的重复性和均一性。Biomek i7搭配AMPure XP产物纯化试剂、SPRIselect片段筛选试剂进行高通量的NGS反应体系纯化，可实现从核酸提取到捕获后PCR产物纯化的整个流程。
图2 xGen Prism DNA自动化建库流程
图3 IDT捕获自动化流程
投入更少的时间
使用Biomek i7工作站进行建库和捕获流程，将极大的减少实验人员的参与时间，降低出错的概率，使得实验流程更加标准化。
图4 使用Biomek i7进行建库、捕获，人工参与的时间与人工流程时间对比
获得更好的结果
图5 IDT xGen® 杂交捕获试剂盒历史手工数据（左）vs. Biomek i7自动化工作站（右）完成数据。
A. 平均中靶率
B. 重复率
C. 覆盖度
D. GC偏移